V srdci mesta sa majestátne týči katedrála Besançon. Katedrála Saint-Jean je pozoruhodným príkladom náboženského a architektonického dedičstva. Hoci jeho počiatky siahajú do 4. storočia, v priebehu storočí bol prestavaný a rozširovaný, pričom sa jeho románske základy prelínali s neskoršími gotickými a barokovými prístavbami..
Jednou z najpozoruhodnejších čŕt katedrály je jej vzácny dizajn dvojitej apsidy, vďaka čomu je architektonicky jedinečná vo Francúzsku..
Interiér zdobia významné náboženské umelecké diela. Vrcholom je slávny orloj vyrobený v 19. storočí, ktorý predstavuje podrobné astronomické a náboženské funkcie so svojím zložitým systémom ozubených kolies a číslic..
Katedrála, ktorá slúži ako centrum arcibiskupa z Besançonu, je už dlho duchovným centrom. Blízkosť citadely de Besançon tiež odráža historickú dvojitú identitu ako opevneného a náboženského centra mesta..
Dnes katedrála v Besançone naďalej priťahuje návštevníkov pre svoj historický význam a ohromujúcu architektúru.
